Բուսական և պաթոգեն նյութեր
Սորգո ասոցիացիայի քարտեզագրման պոպուլյացիան, որը հայտնի է որպես սորգո փոխակերպման պոպուլյացիա (SCP) տրամադրվել է դոկտոր Փեթ Բրաունի կողմից Իլինոյսի համալսարանում (այժմ՝ UC Davis-ում): Այն նկարագրվել է նախկինում և իրենից ներկայացնում է տարբեր գծերի հավաքածու, որոնք վերածվել են ֆոտոժամկետային անզգայունության և ավելի փոքր հասակի՝ հեշտացնելու բույսերի աճն ու զարգացումը ԱՄՆ միջավայրում: Այս պոպուլյացիայից 510 տող է օգտագործվել այս հետազոտության մեջ, թեև վատ բողբոջման և որակի վերահսկման այլ խնդիրների պատճառով ոչ բոլոր գծերն են օգտագործվել բոլոր երեք հատկանիշների վերլուծության մեջ: Ի վերջո, 345 տողերի տվյալները օգտագործվել են քիտինի արձագանքի վերլուծության համար, 472 տող՝ flg22 պատասխանի և 456՝ TLS դիմադրության համար:B. cookeiLSLP18 շտամը ստացվել է Արկանզասի համալսարանի դոկտոր Բուրթ Բլյումից:
MAMP արձագանքման չափում
Երկու տարբեր MAMP-ներ օգտագործվել են այս ուսումնասիրության մեջ flg22, (Genscript կատալոգ # RP19986) և քիտին: Սորգո բույսերը աճեցվել են ջերմոցում հողով լցված բնակարանների վրա դրված ներդիրներով (33% Sunshine Redi-Earth Pro Growing Mix): Բույսերը ջրվել են նմուշ հավաքելուց մեկ օր առաջ՝ հավաքման օրը տերևների ավելորդ խոնավությունից խուսափելու համար:
Գծերը պատահականության են ենթարկվել և, լոգիստիկ նկատառումներով, տնկվել են 60 տողից բաղկացած խմբաքանակներով: Յուրաքանչյուր տողի համար տնկվել է երեք «կաման»՝ յուրաքանչյուր տողում երկու սերմով: Հետագա խմբաքանակները տնկվեցին հենց որ նախորդ խմբաքանակը վերամշակվեց, մինչև ամբողջ բնակչության գնահատումը: Երկու փորձարարական փորձարկումներ են իրականացվել երկու MAMP-ների համար, որոնց գենոտիպերը վերընտրվել են երկու փորձարկումներից յուրաքանչյուրում:
ROS-ի վերլուծություններն իրականացվել են ինչպես նախկինում նկարագրված: Համառոտ, յուրաքանչյուր տողի համար վեց սերմ է տնկվել 3 տարբեր ծաղկամանների մեջ։ Ստացված սածիլներից ընտրվել են երեքը՝ ելնելով միատեսակությունից։ Սածիլները, որոնք արտասովոր տեսք ուներ կամ զգալիորեն ավելի բարձր կամ կարճ էին, քան մեծամասնությունը, չեն օգտագործվել: 3 մմ տրամագծով չորս տերևային սկավառակներ կտրվեցին երեք տարբեր 15 օրական սորգո բույսերի 4-րդ տերևի ամենալայն մասից: Մեկ սկավառակ յուրաքանչյուր տերևից երկու բույսից և երկու սկավառակ մեկ բույսից, իսկ երկրորդ սկավառակը դառնում է ջրի հսկողություն (տես ստորև): Սկավառակները առանձին-առանձին լողացվեցին 50 µl H20-ի վրա սև 96 հորատանցքի ափսեի մեջ, փակվեցին ալյումինե կնիքով՝ լույսի ազդեցությունից խուսափելու համար և գիշերը պահվեցին սենյակային ջերմաստիճանում: Հաջորդ առավոտ պատրաստվել է ռեակցիայի լուծույթ՝ օգտագործելով 2 մգ/մլ քիմիլյումինեսցենտային զոնդ L-012 (Wako, կատալոգ # 120-04891), 2 մգ/մլ ծովաբողկի պերօքսիդազ (Տիպ VI-A, Sigma-Aldrich, կատալոգ # P6782) և 100 մգ/մլ Չիտին կամ 100 մգ/մլ F2Lg2: Այս ռեակցիայի լուծույթի 50 մկլ ավելացվել է չորս հորերից երեքին: Չորրորդ հորատանցքը կեղծ հսկողություն էր, որին ավելացվել էր ռեակցիայի լուծույթը՝ բացառելով MAMP-ը: Յուրաքանչյուր ափսեի մեջ ներառված էին նաև չորս դատարկ հորեր, որոնք պարունակում էին միայն ջուր:
Ռեակցիայի լուծույթն ավելացնելուց հետո լյումինեսցենտությունը չափվել է SynergyTM 2 բազմաբնույթ հայտնաբերման միկրոպլատների ընթերցիչի միջոցով (BioTek) յուրաքանչյուր 2 րոպեն մեկ 1 ժամվա ընթացքում: Այս 1 ժամվա ընթացքում ափսեի ընթերցիչը լյումինեսցենցիայի չափումներ է կատարում 2 րոպեն մեկ: Բոլոր 31 ընթերցումների գումարը հաշվարկվել է յուրաքանչյուր հորի արժեքը տալու համար: MAMP պատասխանի գնահատված արժեքը յուրաքանչյուր գենոտիպի համար հաշվարկվել է որպես (երեք փորձնական հորերի միջին լյումինեսցենտային արժեքը. կեղծ հորերի արժեքը) - հանած դատարկ հորերի միջին արժեքը: Դատարկ հորերի արժեքները հետևողականորեն մոտ էին զրոյին:
Տերեւային սկավառակներՆիկոտիանա բենթամիանա, մեկ բարձր արձագանքող սորգո գիծ (SC0003) և մեկ ցածր արձագանքող սորգո գիծ (PI 6069) ներառվել են նաև որպես հսկող սարքեր յուրաքանչյուր 96 հորանի ափսեում՝ որակի վերահսկման նպատակով:
B. cookeiպատվաստանյութի պատրաստում և պատվաստում
B. cookeiպատվաստանյութը պատրաստվել է ինչպես նախկինում նկարագրված: Համառոտ, սորգո հատիկները թրմել են ջրի մեջ երեք օր, ողողել, փաթաթել 1 լ կոնաձև կոլբայի մեջ և մեկ ժամ ավտոկլավացրել 15 psi և 121 °C ջերմաստիճանում: Այնուհետև հատիկները պատվաստվել են թարմ կուլտուրայից ստացված մոտ 5 մլ մացերացված միցելիայովB. cookeiLSLP18-ը մեկուսացնում է և թողնում 2 շաբաթ սենյակային ջերմաստիճանում՝ 3 օրը մեկ թափահարելով տափաշիշները: 2 շաբաթ անց բորբոսով վարակված սորգո հատիկները չորացրին օդով, այնուհետև պահեցին 4 °C ջերմաստիճանում մինչև դաշտի պատվաստումը: Նույն պատվաստումը օգտագործվել է ամբողջ փորձարկման համար և ամեն տարի թարմացվել: Պատվաստման համար 6–10 վարակված հատիկներ տեղադրվեցին 4–5 շաբաթական սորգո բույսերի պտույտի մեջ: Այս սնկերից արտադրված սպորները մեկ շաբաթվա ընթացքում վարակ են հարուցել երիտասարդ սորգո բույսերի մոտ:
Սերմերի պատրաստում
Նախքան դաշտում տնկելը սորգո սերմը մշակվել է ֆունգիցիդով, միջատասպանով և պաշտպանիչ խառնուրդով, որը պարունակում է ~ 1% Spirato 480 FS ֆունգիցիդ, 4% Sebring 480 FS ֆունգիցիդ, 3% Sorpro 940 ES սերմերի պաշտպանիչ միջոց: Այնուհետև սերմերը չորացվեցին օդով 3 օր, ինչը այս խառնուրդից բարակ ծածկույթ տվեց սերմերի շուրջը: Պաշտպանիչը թույլ է տվել օգտագործել Dual Magnum թունաքիմիկատը որպես նախնական բուժում:
Թիրախային տերևային կետի դիմադրության գնահատում
SCP-ը տնկվել է Կենտրոնական մշակաբույսերի հետազոտական կայանում Clayton, NC-ում 2017 թվականի հունիսի 14-15-ին և 2018 թվականի հունիսի 20-ին պատահական ամբողջական բլոկային նախագծով՝ յուրաքանչյուր դեպքում երկու փորձարարական կրկնությամբ: Փորձերը տնկվել են 1,8 մ երկարությամբ մեկ շարքերում՝ 0,9 մ շարքի լայնությամբ՝ օգտագործելով 10 սերմ մեկ հողամասում: Յուրաքանչյուր փորձի ծայրամասում երկու սահմանային շարքեր են տնկվել՝ եզրային ազդեցությունները կանխելու համար: Փորձերը պատվաստվել են 2017թ. հուլիսի 20-ին և 2018թ. հուլիսի 20-ին, այդ պահին սորգո բույսերը գտնվում էին աճի 3-րդ փուլում: Գնահատականները վերցվել են մեկից ինը սանդղակով, որտեղ հիվանդության նշաններ չցուցաբերող բույսերը գնահատվել են որպես ինը, իսկ ամբողջովին մեռած բույսերը գնահատվել են որպես մեկ: 2017-ին վերցվել է երկու գնահատական, իսկ 2018-ին՝ չորս ընթերցում՝ սկսած ամեն տարի պատվաստումից երկու շաբաթ անց: sAUDPC (հիվանդության առաջընթացի կորի տակ գտնվող ստանդարտացված տարածքը) հաշվարկվել է, ինչպես նկարագրված է նախկինում:
Հրապարակման ժամանակը՝ Ապրիլ-01-2021